一、个人简介

   张杨，mg老虎机游戏教授，长期致力于生物信息学领域的研究工作，主要研究方向为围绕细胞生物数据和信息开展多维度特征探索和表征。目前已成功开发了多个生物信息学数据库、算法和分析平台，为来自30多个国家和地区的科研人员提供了重要的服务和资源支持，其中部分工作对单细胞组学、亚细胞组学及RNA组学研究领域具有重要推动作用，以第一作者或通讯作者的身份在Advanced sciences（IF：14.1，1篇，卷首论文）、Nucleic Acids Research（IF：19.16，2篇）、Autophagy（IF：14.6，1篇）、iMETA（IF：23.7，1篇）、Briefings in Bioinformatics（IF：6.8，3篇）、Bioinformatics（IF：4.4，2篇）等刊物上发表论文超过20篇，累计影响因子超过160（IF高于20的论文1篇，IF高于15的论文3篇，IF高于10的论文7篇，ESI热点论文1篇，高被引论文5篇），主持多项国家级和省部级科学基金项目（主持国家自然科学基金2项、省部级科学基金4项、生物制药企业横向基金1项），担任BMC bioinformatics杂志编委，IET system biology杂志客座编辑。申请人与川内生物制药企业展开合作，开发了基于AI技术的核酸药物设计平台，深入参与到企业的核酸药物研发过程，并共同申请国家发明专利1项，获批软件著作权1项。邮箱：yangzhang@cdutcm.edu.cn。实验室网站：http://www.zhangy-lab.cn/。

二、主要研究方向

[1] AI辅助的药物设计研究；

[2] 临床大数据挖掘与算法开发；

[3] 单细胞测序数据挖掘及算法开发。

三、教育及工作背景                                                  

2025.01-至今       mg老虎机游戏                                  教授

2021.10-2025.01    mg老虎机游戏                                  副教授

2019.07-2021.07    南方医科大学顺德医院                            博士后

2015.09-2019.07    电子科技大学  生命科学与技术学院                博士

2011.07-2015-07    博奥生物暨生物芯片北京国家工程研究中心          技术支持工程师

2008.09-2011.07    电子科技大学  生命科学与技术学院                硕士学位

2004.09-2008.07    电子科技大学  生命科学与技术学院                学士学位

四、科研成果                                                    

已发表或接受的第一作者及通讯作者论文

[1]. Tianyuan Liu, Huiyuan Qiao, Zixu Wang, Xinyan Yang, Xianrun Pan, Yu Yang, Xiucai Ye*, Tetsuya Sakurai, Hao Lin*, Yang Zhang*. CodLncScape Provides a Self-Enriching Framework for the Systematic Collection and Exploration of Coding LncRNAs. Advanced Science, 2024, 11 (22): 2400009. (通讯作者，中科院一区，2022 IF: 15.1, 卷首论文).

[2]. Yang Zhang*, Tianyuan Liu, Xuesong Hu, Mei Wang, Jing Wang, Bohao Zou, Puwen Tan, Tianyu Cui, Yiying Dou, Lin Nin, Yan huang, Shuan Rao, Dong Wang, Xiaoyang Zhao. CellCall: Integrating paired ligand-receptor and transcription factor activities for cell-cell communication. Nucleic Acids Research, 2021, 49(15): 8520-8534. （一作兼通讯，中科院二区，2021 IF: 19.16）.

[3]. Yan Huang, Jing Wang, Yue Zhao, Huafeng Wang, Tianyuan Liu, Yuhe Li, Tianyu Cui, Weiyi Li, Yige Feng, Jiaxin Luo, Jiaqi Gong, Lin Ning, Yong Zhang*, Dong Wang*, Yang Zhang*. cncRNAdb: a manually curated resource of experimentally supported RNAs with both protein-coding and noncoding function. Nucleic Acids Research, 2021, 49(D1): D65-D70. （通讯作者，中科院二区，2021 IF: 19.16）.

[4]. Tianyuan Liu, Xianrun Pan, Liping Ren, Xiucai Ye, Kai Zheng, Yang Zhang*. Mapping Autophagy-Related Membrane Contact Site Proteins and Complexes with AutoMCS Navigator. Autophagy, 2024, 1-3. (通讯作者，中科院一区，2023 IF: 14.6).

[5]. Liping Ren^#, Yi Xu^#, Lin Ning^#, Xianrun Pan, Yuchen Li, Qi Zhao, Bo Pang, Jian Huang^*, Kejun Deng^*, Yang Zhang^*. TCM2COVID: A resource of anti‐COVID‐19 traditional Chinese medicine with effects and mechanisms. iMeta, 2022, 1(4): e42.（通讯作者，中科院一区，IF=23.8）.

[6]. Yang Zhang, Xianrun Pan, Tianyu Shi, Zhifeng Gu, Zhaochang Yang, Minghao Liu, Yi Xu, Yu Yang, Liping Ren, Xiaoming Song^*, Hao Lin^*, Kejun Deng^*. P450Rdb: A manually curated database of reactions catalyzed by cytochrome P450 enzymes. Journal of Advanced Research, 2023.（第一作者；中科院一区，2022 IF: 11.3）.

[7]. Huaichao Luo, Changchun Wu, Sisi Yu, …, Yang Zhang^*, Jian Huang, Dongsheng Wang. PlateletBase: A Comprehensive Knowledgebase for Platelet Research and Disease Insights. Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2025（接受）. (并列通讯作者；IF: 11.5)

[8]. Yang Zhang^#, Caiqi Liu^#, Mujiexin Liu, Tianyuan Liu, Hao Lin^*, ChengBing Huang^*, Lin Ning^*. Attention is all you need: utilizing attention in AI-enabled drug discovery. Briefings in Bioinformatics, 2024, 25(1): bbad467.（第一作者；中科院二区，2022 IF: 9.5） .

[9]. Hao Lv^#, Yang Zhang^#, Jia-Shu Wang, Shi-Shi Yuan, Zi-Jie Sun, Fu-Ying Dao, Zheng-Xing Guan, Hao Lin^*, Ke-Jun Deng^*, iRice-MS: An integrated XGBoost model for detecting multitype post-translational modification sites in rice. Briefings in Bioinformatics, 2022, 23(1): bbab486.（并列第一作者；中科院二区，2022 IF: 9.5）.

[10]. Hao Lv, Lei Shi, Joshua William Berkenpas, Fu-Ying Dao, Hasan Zulfiqar, Hui Ding, Yang Zhang^*, Liming Yang^*, Renzhi Cao^*. Application of artificial intelligence and machine learning technologies for SARS-CoV-2 drugs and vaccines. Briefings in Bioinformatics, 2021, 22(16): bbab320.（并列通讯作者；中科院二区，2021 IF: 13.994）.

[11]. Yang Zhang^*, Tianyuan Liu, Jing Wang, Bohao Zou, Le Li, Linhui Yao, Kechen Chen, Lin Ning, Bingyi Wu, Xiaoyang Zhao, Dong Wang. Cellinker: a platform of ligand-receptor interactions for intercellular communication analysis. Bioinformatics. 2021. 37(14): 2025-2032. （2021 IF: 6.931）.

[12]. Yang Zhang^*, Tianyuan Liu, Liqun Chen, et al. RIscoper: a tool for RNA–RNA interaction extraction from the literature. Bioinformatics, 2019, 35(17), 3199–3202. (第一作者； IF: 5.61； 小类1区).

[13]. Tianyuan Liu^#, Junyang Huang^#, Delun Luo, Liping Ren, Lin Ning, Jian Huang^*, Hao Lin^*, Yang Zhang^*. Cm-siRPred: Predicting chemically modified siRNA efficiency based on multi-view learning strategy. International Journal of Biological Macromolecules, 2024, 264(pt2): 130638.（通讯作者；中科院一区，2022 IF: 8.2）.

[14]. Xianrun Pan^#, Liping Ren^#, Yu Yang, Yi Xu, Lin Ning, Yibing Zhang, Huaichao Luo^*, Quan Zou^*, Yang Zhang^*. MCSdb, a database of proteins residing in membrane contact sites. Scientific Data, 2024, 11: 281.（通讯作者；中科院二区，2022 IF:9.8）.

[15]. Yi Xu, Tianyuan Liu, Yu Yang, Juanjuan Kang, Liping Ren, Hui Ding, Yang Zhang*. ACVPred: Enhanced prediction of anti-coronavirus peptides by transfer learning combined with data augmentation, Future Generation Computer Systems,2024, 160: 305-315. (通讯作者，中科院二区，2022 IF: 7.1).

[16]. Yuncong Zhang, Yu Yang, Liping Ren, Meixiao Zhan, Taoping Sun, Quan Zou, Yang Zhang. Predicting intercellular communication based on metabolite-related ligand-receptor interactions with MRCLinkdb. BMC Biology, 2024, 22, 152 (通讯作者，中科院一区, 2022 IF: 5.1).

[17]. Liping Ren^#, Lin Ning^#, Yu Yang, Ting Yang, Xinyu Li, Shanshan Tan, Peixin Ge, Shun Li, Nanchao Luo^*, Pei Tao^*, Yang Zhang^*. MetaboliteCOVID: A manually curated database of metabolite markers for COVID-19. Computers in Biology and Medicine, 2023, 167: 107661.（通讯作者；中科院二区，2022 IF: 7.7）.

[18]. Yang Zhang, Yu Yang, Liping Ren, Lin Ning, Quan Zou, Nanchao Luo, Yinghui Zhang, Ruijun Liu. RDscan: Extracting RNA-disease relationship from the literature based on pre-training model. Methods, 2024, 228,48-54. (中科院三区, 2023 IF: 4.2).

[19]. Hasan Zulfiqar, Zhiling Guo, Ramala Masood Ahmad, Zahoor Ahmed, Peiling Cai, Xiang Chen, Yang Zhang^*, Hao Lin, Zheng Shi. Deep-STP: a deep learning-based approach to predict snake toxin proteins by using word embeddings. Front Med. 2024; 10:1291352. (并列通讯作者；中科院三区， 2022 IF： 3.9).

[20]. Yu-Fei Zhang, Yu-Hao Wang, Zhi-Feng Gu, Xian-Run Pan, Jian Li, Hui Ding, Yang Zhang, Ke-Jun Deng. Bitter-RF: A random forest machine model for recognizing bitter peptides. Front Med. 2023; 10:1052923. (并列通讯作者；中科院三区，全球高被引论文，2022 IF： 3.9).

[21]. Yang Zhang, Ting Yang, Yu Yang, Dongsheng Xu, Yucheng Hu, Shuo Zhang, Nanchao Luo, Lin Ning, Liping Ren. siRNAEfficacyDB: An experimentally supported small interfering RNA efficacy database. IET Syst Biol. 2024;18(6):199–207. (第一作者；中科院四区，2023 IF： 1.9).

[22]. Liping Ren, Xianrun Pan, Lin Ning, Di Gong, Jian Huang, Kejun Deng, Lei Xie, Yang Zhang^*. Construction of a Combined Hypoxia-related Genes Model for Hepatocellular Carcinoma Prognosis. Curr Comput Aided Drug Des. 2023;19(2):150-161. (通讯作者；中科院四区，2022 IF： 1.7).

[23]. Yang Zhang, Zheng Zhang, Dong Wang, et al. Multidimensional integration analysis of autophagy-related modules in colorectal cancer. Letters in Organic Chemistry, 2019, 16(4): 340-346 (第一作者； IF: 0.779；小类4区)

[24]. 任丽萍, 潘贤润, 刘天元, 杨煜, 宁琳, 张杨^*. 细胞间通信预测方法研究进展. 电子科技大学学报, 2023, 52(5): 667-674.（通讯作者；EI 期刊）.

[25]. 任丽萍, 宁琳, 谢雷, 张杨^*.  肿瘤免疫微环境中免疫细胞间通讯景观探究. 电子科技大学学报,  2022,51(2):177-183.（通讯作者；EI期刊）

主持课题                                               

[1] 国家自然科学基金委员会，面上项目，62471071，基于单细胞测序数据的神经免疫通讯预测研究，2025-01-01 至 2028-12-31，49万，在研，主持

[2] 国家自然科学基金委员会，青年项目，62202069，基于单细胞测序数据的细胞微环境信号转导网络预测研究，2023-01-01 至 2025-12-31，30万，在研，主持

[3] 四川省科技厅,四川省自然科学基金项目, 2022NSFSC1610, 基于深度神经网络的RNA相关互作文本挖掘研究,2022-01 至 2023-12, 10万元, 结题, 主持

[4] 中国博士后科学基金会, 面上项目, 2023M730507, 基于预训练与微调策略的抗冠状病毒肽识别研究，2023-07至2024-07，8万元，结题，主持

[5] 四川省人社厅，四川省博士后特别资助，TB2023012，基于图神经网络的细胞间通讯网络预测研究，2023-06至2024-06，10万元，结题，主持

[6] 广东省基础与应用基础研究基金联合基金会，青年基金项目，2019A1515110701，系统解析非编码RNA介导的病毒-宿主互作网络， 2020-01至2022-12，10万元，结题，主持

[7] 景泽生物技术有限公司揭榜挂帅技术攻关项目（企业横向课题）：基于深度神经网络开发化学修饰siRNA药物活性预测平台,起止年月：2022年08月-2023年8月，15.00万元，主持，结题